La serie tiene lugar en una versión alternativa de Japón llamada Great Japan, donde el shogunato Tokugawa se mantuvo activo y se ha mantenido aislado del resto del mundo.
La historia sigue a Muneakira Yagyu, un joven que asiste a la Academia Privada Buou, situada en la base del Monte Fuji. En ésta, todos los estudiantes son hijos de Samurai y, mientras cumplen con sus estudios, deben pasar los días preparándose para algún día luchar en batallas que pondrán en riesgo sus vidas.
A pesar de la pacifica fachada de la escuela, muchos conflictos internos se desatan dentro de ella entre aquellos que se rebelan contra el Régimen Tokugawa y la Facción Toyotomi, un grupo de cazadores al servicio del tirano consejo estudiantil.